Ausserehelich geboren (Venus-Neptun), wächst sie einem multikulturellen Hause auf, wird gebildet von einem russischen Hauslehrer, der „Türkisch, Arabisch und Deutsch ebenso fliessend spricht wie Russisch“. Isabelle ist eine begeisterte Schülerin, liest sich schon früh durch alle mögliche Erwachsenenliteratur, in der Freizeit malt und zeichnet sie, arbeitet im Garten, denn „Vava“ (Lebensgefährte der Mutter), bestrebt, seinen Traum vom einfachen Landleben zu verwirklichen, hält die Kinder, Jungen wie Mädchen, wenn immer möglich zur Arbeit in der freien Natur an. Sie klettert mit ihrem Bruder Augustin – ihrer Jugendliebe – auf Bäume, sie spaltet Holz und reitet. Die anarchistische Doktrin macht keinen Unterschied zwischen den Geschlechtern, und gemäss dieser Maxime kleidet sich Isabelle wie ein Junge und verschmäht jedes weibliche Zubehör. „Im Hof war ein Junge damit beschäftigt, Holz zu hacken; grossgewachsen, kräftig, ungefähr sechzehn Jahre alt; volles rundliches Gesicht, bartlos, dunkles Haar... es war Isabelle Eberhardt. Ich kam im ersten Moment gar nicht darauf, dass es sich um ein Mädchen handeln könne“, erzählt ein Besucher von damals. „’Haben sie meine Tochter Tochter gesehen?’, fragte mich T..., ‚sie trägt Männerkleidung, was komfortabler ist, wenn sie in die Stadt geht.’“
